Shema dizajna i rješenje polipeptidnog peptidnog lanca

I. Sažetak
Peptidi su posebne makromolekule tako da su njihove sekvence neobične po svojim kemijskim i fizičkim značajkama.Neke peptide je teško sintetizirati, dok je druge relativno lako sintetizirati, ali ih je teško pročistiti.Praktični problem je taj što je većina peptida slabo topljiva u vodenim otopinama, tako da u našem pročišćavanju, odgovarajući dio hidrofobnog peptida mora biti otopljen u nevodenim otapalima, stoga će ova otapala ili puferi vjerojatno biti ozbiljno nedosljedni s upotrebom bioloških eksperimentalnih postupaka, tako da je tehničarima strogo zabranjeno koristiti peptid za vlastite potrebe, tako da je sljedeće nekoliko aspekata dizajna peptida za istraživače.

Shema dizajna i rješenje polipeptidnog peptidnog lanca
Drugo, ispravan izbor sintetičkih teških peptida
1. Ukupna duljina niže reguliranih sekvenci
Lakše je dobiti peptide s manje od 15 ostataka jer se veličina peptida povećava, a čistoća sirovog proizvoda smanjuje.Kako se ukupna duljina peptidnog lanca povećava preko 20 ostataka, točna količina proizvoda je ključna briga.U mnogim eksperimentima lako je postići neočekivane učinke spuštanjem broja ostataka ispod 20.
2. Smanjite broj hidrofobnih ostataka
Peptidi s velikom dominacijom hidrofobnih ostataka, posebno u regiji 7-12 ostataka od C-kraja, obično uzrokuju sintetičke poteškoće.Ovo se smatra neadekvatnom kombinacijom upravo zato što se u sintezi dobiva B-presavijeni list."U takvim slučajevima može biti korisno pretvoriti više od dva pozitivna i negativna ostatka, ili staviti Gly ili Pro u peptid kako bi se otključao sastav peptida."
3. Smanjenje "teških" ostataka
"Postoji niz ostataka Cys, Met, Arg i Try koji se općenito ne sintetiziraju lako."Ser će se tipično koristiti kao neoksidativna alternativa za Cys.
Shema dizajna i rješenje polipeptidnog peptidnog lanca

Treće, poboljšajte točan izbor topljivih u vodi
1. Podesite kraj N ili C
U odnosu na kisele peptide (tj. negativno nabijene pri pH 7), acetilacija (N-terminalna acetilacija, C kraj uvijek održava slobodnu karboksilnu skupinu) posebno se preporučuje za povećanje negativnog naboja.Međutim, za bazične peptide (to jest, pozitivno nabijene pri pH 7), aminacija (slobodna amino skupina na N-kraju i aminacija na C-terminusu) posebno se preporučuje za povećanje pozitivnog naboja.

2. Jako skratite ili produljite niz

Neki od nizova sadrže veliki broj hidrofobnih aminokiselina, kao što su Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr i Ala, itd. Kada ti hidrofobni ostaci prijeđu 50%, obično ih nije lako otopiti.Može biti korisno produljiti sekvencu kako bi se dodatno povećali pozitivni i negativni polovi peptida.Druga opcija je smanjiti veličinu peptidnog lanca kako bi se povećali pozitivni i negativni polovi smanjenjem hidrofobnih ostataka.Što su jače pozitivne i negativne strane peptidnog lanca, veća je vjerojatnost da će reagirati s vodom.
3. Stavite u vodu topljivi ostatak
Za neke peptidne lance kombinacija nekih pozitivnih i negativnih aminokiselina može poboljšati topljivost u vodi.Naša tvrtka preporučuje da se N-kraj ili C-kraj kiselih peptida kombiniraju s Glu-Glu.Dan je N ili C kraj osnovnog peptida, a zatim Lys-Lys.Ako se nabijena grupa ne može postaviti, Ser-Gly-Ser se također može postaviti na N ili C kraj.Međutim, ovaj pristup ne funkcionira kada se strane peptidnog lanca ne mogu promijeniti.