Peptidi koji prodiru u stanicu su mali peptidi koji lako mogu prodrijeti kroz staničnu membranu.Ova klasa molekula, posebno CPP s funkcijama ciljanja, obećava učinkovitu dostavu lijeka do ciljnih stanica.
Stoga istraživanja na njemu imaju određeni biomedicinski značaj.U ovoj studiji, CPP s različitim transmembranskim aktivnostima proučavani su na razini sekvenci, pokušavajući otkriti čimbenike koji utječu na transmembransku aktivnost CPP, razlike u sekvencama između CPP s različitim aktivnostima i NonCPP, te uvesti metodu za analizu bioloških sekvenci.
CPPs i NonCPPs sekvencije dobivene su iz baze podataka CPPsite i različite literature, a transmembranski peptidi (HCPPs, MCPPs, LCPPs) s visokom, srednjom i niskom transmembranskom aktivnošću ekstrahirani su iz CPPs sekvencija za konstruiranje skupova podataka.Na temelju ovih skupova podataka provedena su sljedeća istraživanja:
Slika 1, Sastav aminokiselina i sekundarne strukture različitih aktivnih CPP i NonCPP analizirani su ANOVA-om.Utvrđeno je da elektrostatske i hidrofobne interakcije aminokiselina igraju važnu ulogu u transmembranskoj aktivnosti CPP-a, a spiralna struktura i nasumično namotavanje također utječu na transmembransku aktivnost CPP-a.
2. Na dvodimenzionalnoj ravnini prikazana su fizikalna i kemijska svojstva i duljine CPP-a s različitim aktivnostima.Utvrđeno je da se CPP i NonCPP s različitim aktivnostima mogu grupirati pod nekim posebnim svojstvima, a HCPP, MCPP, LCPP i NonCPP podijeljeni su u tri skupine, pokazujući njihove razlike;
3. U ovom se radu uvodi koncept fizičkog i kemijskog središta biološke sekvence, a ostaci koji sačinjavaju sekvencu smatraju se točkama čestica, a sekvenca se apstrahira kao sustav čestica za istraživanje.Ova je metoda primijenjena na analizu CPP-ova projiciranjem CPP-ova s različitim aktivnostima na 3D ravninu PCA metodom, te je utvrđeno da se većina CPP-ova grupira zajedno, a neki LCPP-ovi se grupiraju zajedno s NonCPP-ovima.
Ova studija ima implikacije na dizajn CPP-ova i razumijevanje razlika u sekvencama CPP-ova s različitim aktivnostima.Osim toga, metoda analize fizičko-kemijskog centroida bioloških sekvenci predstavljena u ovom radu može se koristiti i za analizu drugih bioloških problema.U isto vrijeme, mogu se koristiti kao ulazni parametri za neke probleme biološke klasifikacije i igrati ulogu u prepoznavanju uzoraka.
Vrijeme objave: 15. lipnja 2023